Meestal wordt een nefrostomiekatheter geplaatst als er een niersteen in een urineleider zit. De urine kan dan niet van de nier naar de blaas stromen. De nier kan dan gaan uitzetten en ontsteken. Een nefrostomiekatheter is dan nodig om de nier te ontlasten. Wanneer de ontsteking tot rust is gekomen, kan de niersteen worden weggehaald.
Ook als de urineleider (de buis van de nier naar de blaas) van buitenaf wordt dichtgedrukt door bijvoorbeeld een gezwel in de onderbuik, kan het nodig zijn om een nefrostomiekatheter te plaatsen. Soms wordt een nefrostomiekatheter geplaatst in verband met een nieroperatie.